Construída no local ocupado pela mesquita muçulmana, e sendo o minarete adaptado para torre sineira, a Igreja de S. Clemente, remonta à segunda metade do século XIII. Em 1298 a Igreja de S. Clemente passou para a Ordem Militar de São Tiago por escambo feito entre o rei D. Dinis e o mestre da referida Ordem. No século XVI foram acrescentadas algumas capelas laterais, de estilo manuelino. O Altar-mor tem retábulo de talha dourada do século XVIII. Na fachada destaca-se o portal gótico com arco ogival, com três arquivoltas. Os sismos de 1755, 1856 e 1969 danificaram bastante a Igreja.