A Foz da Ribeira de Almargem consiste numa lagoa relíquia de um estuário existente pelo menos até ao período romano e que, pouco a pouco, foi sendo colmatado por areias e aluviões fluviais. 

Uma vez cheia, o comprimento da lagoa atinge os 830 metros, com uma largura máxima de 185 metros e uma profundidade que nunca ultrapassa os 5 metros. Junto ao mar, na sua porção terminal a sul, é constituída por uma barreira arenosa relativamente elevada que impede o escoamento da água doce para o mar. No entanto, em situações de marés vivas ou tempestades marítimas, podem ocorrer galgamentos oceânicos, rompendo a barreira arenosa e possibilitando a renovação parcial da massa de água lagunar.

A presença humana ao longo das ribeiras que dão origem a esta lagoa é milenar, e tem vindo a desenhar e limitar a fauna e flora presentes no local, através da agricultura tradicional com pomares de sequeiro, hortas e pastoreio.