Organizado a partir do Poço-cisterna Almóada (séc.XII-XIII) e tendo como alçado sul um tramo de muralha da Almedina (séc.XII), ambos classificados como monumentos nacionais, o Museu conta, através dos objetos que apresenta, a história do território de Silves, desde a pré-história até ao séc.XVIII.

Possui uma das maiores coleções de objetos arqueológicos de época islâmica do país, provenientes, maioritariamente, de escavações arqueológicas realizadas na cidade ao longo de várias décadas de investigação.