A atual Igreja de São Francisco data do século XVIII, resultando da remodelação da antiga Ermida de São Sebastião, do século XVI, após o templo ter passado para a Ordem Terceira de S. Francisco. Com a criação da nova freguesia de S. Sebastião, por despacho de 13 de agosto de 1890, a Igreja de S. Francisco passou a ser Igreja Paroquial. É um edifício de planta em cruz latina. A capela-mor possui retábulo barroco em talha dourada, da autoria do mestre entalhador João Amado. Esta igreja acolhe o andor da Mãe Soberana entre a Festa Pequena e a Festa Grande.