A Falha de São Marcos – Quarteira (FSMQ) corresponde a uma estrutura herdada do ciclo orogénico varisco (c. 350 milhões de anos) e expressa-se morfologicamente através de um vale de fratura, com orientação geral NW-SE, que atravessa todo o aspirante geoparque Algarvensis. Esta falha, com mais de 40 km de comprimento, estende-se desde São Marcos da Serra em direção a Paderne até ao litoral, na zona de Quarteira, prolongando-se para a área imersa, na plataforma continental. Dois setores principais compõem o seu traçado: i) a depressão de São Marcos, entre São Marcos da Serra e São Bartolomeu de Messines, que separa as serras de Monchique e do Caldeirão; e ii) o vale entre Tunes e Quarteira, correspondendo à zona onde a ribeira de Quarteira se instala em formações meso-cenozoicas.

Considerada uma falha tetonicamente ativa (com movimentação nos últimos 3 Ma), estando provavelmente associada a alguma sismicidade atual, estabelece a divisão do Algarve em dois blocos crustais com comportamento tectónico distinto: sector ocidental, Barlavento - com menor atividade neotectónica; e sector oriental, Sotavento - com maior atividade neotectónica.

O Geossítio de S. B. Messines é um dos raros locais onde se pode observar a influência da FSMQ num afloramento e não somente na paisagem. 

O Geossítio do Pico Alto é por sua vez o local privilegiado para apreciar uma vista panorâmica sobre o vale da Falha de São Marcos - Quarteira e a paisagem envolvente