A Ribeira de Quarteira integra a lista de Sítios de Importância Comunitária, área classificada como Rede Natura 2000. É um espaço com características singulares na região, reunindo um conjunto de valores naturais, culturais e históricos de reconhecida importância nacional e internacional de onde se destaca a presença de espécies florísticas endémicas, raras ou ameaçadas de extinção em território nacional.
Com mais de 300 espécies de flora identificadas destacam-se várias plantas restritas à região do Algarve como o tomilho-cabeçudo (Thymus lotocephalus), espécie classificada como Quase Ameaçada (NT) ou a Centaurea occasus, classificada como Vulnerável (VU). Realçam-se ainda as espécies Narcissus willkommii (EN), globulária (Globularia alypum) e Helianthemum cinereum subsp rotundifolium, cuja distribuição se restringe, atualmente, à Ribeira de Quarteira, apresentando as últimas duas a classificação de Criticamente em Perigo (CR). É ainda comum encontrar esparto (Stipa tenacissima), uma planta importantíssima do ponto de vista etnobotânico regional, pois era usado para produzir esteiras e outros produtos. É uma espécie emblemática também porque em Portugal apenas ocorre no Barrocal Algarvio.
Este sítio integra ainda um pequeno troço ao longo da ribeira de Quarteira em excelente estado de conservação, convite a agradáveis passeios por entre tamargais (Tamarix africana), loendrais (Nerium oleander) e freixiais (Fraxinus angustifola), elementos que enriquecem a paisagem e servem de proteção e corredor ecológico a muitas espécies, nomeadamente às aves e.g. guarda-rios (Alcedo attis), papa-figos (Oriolus oriolus), felosinha-comum (Phylloscopus collybita) bem como a espécies de morcegos.
Nas encostas adjacentes, onde predominam os matos mediterrânicos, verifica-se a mudança da composição florística com carrascos (Quercus coccifera), palmeira-anã (Chamaerops humilis), várias aromáticas (tomilho), que proporcionam abrigo e alimento a várias espécies de passeriformes e.g. toutinegras (Sylvia sp.) ou mamíferos como a raposa (Vulpes vulpes), geneta (Genetta genetta), ouriço-cacheiro (Erinaceus europaeus).
